Hồ sơ phân tử của virus gây bệnh dịch tả lợn Châu Phi (ASFV) lưu hành tại Việt Nam trong các đợt bùng phát 2019-2020

 

Bệnh dịch tả lợn châu Phi (ASF) là một bệnh truyền nhiễm rất cao ở lợn do virus  dịch tả lợn châu Phi (ASFV) gây ra. 

Để xác định các biến thể di truyền tiềm ẩn giữa các chủng ASFV lưu hành tại Việt Nam, 26 chủng ASFVcó kết quả dương tính được  phân lập từ các cơ quan: hạch bạch huyết, lách, thận, máu toàn phần và huyết thanh thu thập tại các trang trại ở  23 tỉnh khác nhau của miền Bắc miền Trung và miền Nam Việt Nam trong các đợt bùng phát ASF 2019-2020 đã được xác định đặc điểm di truyền.

Trình tự nucleotide được xác định cho một phần của gen B646L (p72), gen E183L (p54) hoàn chỉnh, vùng biến đổi của EP402R (CD2v), vùng biến trung tâm (CVR) của pB602L và trình tự lặp lại song song (TRS) giữa gen I73R và I329L. 

Phân tích một phần trình tự gen B646L (p72) và EP402R (CD2v) và trình tự gen E183L (p54) có chiều dài đầy đủ cho thấy tất cả 26 chủng ASFV phân lập đều thuộc kiểu gen II và kiểu huyết thanh VIII và chúng giống hệt với chủng Georgia / 2007 / 1 và tất cả các chủng ASFV được giải mã ở Trung Quốc. TRS giữa gen I73R và I329L có chèn 10 nucleotide đã được quan sát thấy ở chủng ASFV Trung Quốc CN201801 được phân lập từ lợn nhà vào năm 2018, nhưng không phải ở chủng Georgia / 2007/1 và China / Jilin / 2018 / lợn rừng được phân lập từ lợn rừng ở Trung Quốc. Đây là phân tích bộ gen trong vùng dịch đầu

Ghi chú: Cây phân loài P72-P54-CD2v dựa trên trình tự  nucleotide. (a) P72 (phương pháp NJ) (b) P54 (phương pháp lân cận); (c) CD2v (Phương pháp 2 tham số Kimura) Phân tích được thực hiện với 1000 lần lặp lại.

Nguồn: sưu tầm